Todos os anos, cerca de 600 estudantes (número superior ao da maioria das faculdades) exercem estágio curricular ou extracurricular, de graduação ou pós graduação no Hospital São Rafael. A busca pelo ensino de qualidade faz parte da finalidade da instituição que, para isso, não poupa esforços nem recursos.  

Os estágios são guiados por profissionais com formação em ensino médico superior (muitos deles médicos e doutores), sem perder de vista a sacralidade da vida humana - especialmente o indivíduo enfermo, independente de credo, raça ou classe social. No HSR, os alunos aprendem a utilizar alta tecnologia de forma humana, democrática, igualitária e eficaz.

Hoje, graças a convênios assinados junto a alguns dos principais estabelecimentos de ensino superior do estado, como a Universidade Federal da Bahia, a Universidade Católica do Salvador e a Escola Bahiana de Medicina, o Hospital São Rafael oferece um grande número de oportunidades de aprendizagem para graduandos de diferentes cursos. São eles: medicina, fisioterapia, enfermagem, nutrição, psicologia, serviço social e administração hospitalar.

O hospital também administra, há mais de dezessete anos, a Escola de Técnicos em Enfermagem, em parceria com o SENAC. Nela são formados cerca de 60 técnicos a cada dois anos. Os alunos participam voluntariamente das ações sociais promovidas pelo HSR e a maior parte deles é absorvida pelo Hospital, passando a fazer parte do seu corpo de funcionários.

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